藻体为单细胞、群体和分枝丝状体。多数种类的藻体无细胞壁，具眼点、有鞭毛，能运动;载色体黄绿色、金黄色或褐色;储藏物质为金藻糖( chrysose)或脂滴。细胞有I蜘蜡，壁常为套合的两半;主要以细胞分裂、群体断裂成片等方式进行繁殖;多分布于淡水，一般在温度低、有机质含量少、微酸性水体中生长较多。

金藻门仅1纲，约200属，1000种左右。根据从单细胞到丝状体的进化阶段分为5个目:

金胞藻目(Chrysomonadales)、根金藻目(Rhizochrysidales)、金囊藻目(Chrysocapsales)、金球藻目(Chrysosphaerales)、金枝藻目(Phaeothamniales)。金胞藻目(Chrysomonadales)又称金鞭藻目、金藻目。本目包括具鞭毛，能运动的单细胞或群体类型的金藻。鞭毛1-2条，罕有3条，等长或不等长。细胞裸露，无细胞壁，或周质上有微小的硅质鳞片或钙质沉淀，或原生质体外有坚固的囊壳。多为浮游性种类。

金藻在透明度大、温度较低、有机质含量少、pH4-6的微酸性水、含钙质较少的软水中生活。一般在较寒冷的冬季、晚秋和早春等季节生长旺盛。