隐藻门是一大类的藻类，大都具有色素体，淡水中常见。细胞大小约为10-50 μm，形状扁平，有两个稍微不等长的鞭毛。一个著名特征是能寄生于红藻中，形成一种内共生关系，并把藻胆素带给宿主。

此门仅1纲，隐藻纲，分5科。我国记载仅1科。

隐鞭藻科:单细胞，细胞不对称，有背腹之分，具2条鞭毛，多数种类具色素体，少数无。具纵沟和口沟，刺丝泡位口沟处或细胞周边。

      隐藻门植物种类不多，但分布很广，淡水、海水均有分布，隐藻对温度、光照适应性极强，无论夏季和冬季冰下水体均可形成优势种群。隐藻属、红胞藻属、半胞藻属等在沿岸水域常见，尖隐藻C. acatg等隐藻属的一些种类，在沿岸水域的微型浮游生物中更常见。沼盐隐藻是广盐性种类，既能生活海湾，河口低盐水域，也能忍受盐沼池的高盐水。   

       隐藻在海洋浮游生物群落中占有一定地位。隐藻喜生于有机物和氮丰富的水体，是我国传统高产肥水鱼池中极为常见的鞭毛藻类，有隐藻水华的鱼池，白鲢生长好，快，产量高，隐藻是水肥、水活、好水的标志。